Huningue est jumelée avec la grande agglomération de Weil am Rhein.
Le 20 mai 1962, le Bürgermeister Wilhelm Schellenberg et le maire Joseph BONNET signaient un pacte d’amitié. Ils anticipaient alors la signature en 1963 par Charles de Gaulle et Konrad Adenauer du Traité de l’Élysée destiné à sceller la réconciliation entre la France et la République Fédérale d’Allemagne et appelant à une coopération entre les deux États. La construction du pont du Palmrain en 1979 puis celle de la passerelle des Trois Pays en 2007 ont depuis renforcé ce jumelage en reliant physiquement les deux villes.
Diana STÖCKER est l’Oberbürgermeisterin de Weil am Rhein depuis 2024.